נהוג לחשוב בקרב רבים שאדם שמתכוונן לשמירת התורה והמצוות, ובפרט אדם שהוא רב, חושש מגילויים מדעיים משום שאלו עלולים לסתור את אמונתו או לגלותה כשקרית. רבנים רבים שמחו לשמוע על תגליות מדעיות ואף כתבו על כך, כיוון שתגליות אלו חשפו אמת המאששת פרטים שלמדו בגמרא. אמנם, רבנים אלו אינם מסתמכים על תגליות המדע בכדי להגדיר את המציאות, אלא הם מבהירים מפורשות כי התורה היא הבסיס עליו הם משעינים שכלם. רבים מתומכי הגישה המדעית אינם לוקחים את גישת רבנים אלו ברצינות. בעיניהם האמונה בבורא לעולם כדמיון או המצאה. אלו אינם שמים לבם לעניין מרכזי. כתב-עת מדעי איננו יכול להכניס לתכניו עניין אחד שסותר את המעמד הכביר שמייחסים בו למדע. עניין זה כלול בתכנים הקשורים למה שהוגדר כ"פילוסופיה של המדע", והוא – העמקת השיח על הבסיס שעליו מסתמך המדע. בסיס זה משפיע על כל ההסתכלות על המדע עצמו – על ניסויים, תצפיות, תגליות, מחקרים וכדומה.
דוגמא להעמקה פשוטה כזו מתוך התבוננות מינימלית: הניסויים, התצפיות וכלי המחקר במדע – כולם מתבססים על חושי האדם ועל מחשבה שכלית, וכן מתבססים על הקשרים הקיימים במוחם של החוקרים. כלים מדעיים אלו מבקשים לגלות את המציאות האמתית שנלמדת מתוך ניסיון, תוך קריאת תיגר על הרציונליזם הטהור בטענה שהמחשבה השכלית האנושית אינה מהימנה. מכיוון שאין אפשרות לאדם לחשוב מעבר ליכולותיו האנושיות השכליות, הוא מוכרח להשתמש גם בשכלו בכדי לפענח את תוצאות הניסוי. המסקנות, אותן כותבים החוקרים, נכתבות מתוך שכלו של החוקר שמתרגם את שראה למילים. התוצאות העובדתיות של הניסוי הנן בהכרח שילוב של השכל האנושי יחד עם התנהגות חוקי המציאות. אכן מצהירים המדענים כי אין באפשרות המדע לעולם להציג אמת מוחלטת. בנוסף, יש לתת התייחסות לכך שהתיאוריות, שרבים מייחסים להן מעמד עובדתי – הן תוצאה של עובדות המשולבות במילוי פערי מידע מתוך שכלו של החוקר גרידא. מכאן שגם תיאוריות מדעיות מבוססות בצורה מובהקת על השכל האנושי.
אותה העמקה, בפשטותה ובהירותה סותרת את נקודת המוצא ממנה יוצא המדע וכן סותרת את מטרתו – בירור המציאות כפי שהיא באמת. רבים מהאנשים המשייכים עצמם לתפיסה המדעית יתקשו להתייחס לעניין זה, כיוון שהוא נתפס כמאיים באופן ישיר על תחומם. למרבה ההפתעה לעתים יעדיפו לפטור העמקה כזו כפילוסופיה בלבד, מאשר להכיר בכך שניסויים ותצפיות הנם אך ורק כלי עזר לשכל האנושי. מטרתם המוצהרת של בירור המציאות ככל הניתן מעלה תמיהה בעניין זה, כאשר זה נראה שהם נועלים טענה שכלית ברורה ומהותית במגירת ה"דמיון" מתוך חוסר ידיעה כיצד להתמודד עמה.
האם איננו מעוניינים ראשית לבדוק את האפשרות לקיום של אמת מוחלטת אותה יכולים לדעת בהכרח כל בני האדם? בדיקה של אפשרות כזו ראויה לשיח רציני במציאות החברתית, ואיננה ראויה ללעג שנובע מתוך חוסר העמקה ומחשבה על ההשלכות של אפשרות כזו.
אין הכוונה לעודד שיח על פילים מעופפים או מפלצות ספגטי, אלא דווקא לעודד חשיבה בריאה. חשיבה מינימלית מעלה את העובדה הבאה: אפשרות כזו של קיום אמת מוחלטת אותה יכולים לדעת בני האדם, מן ההכרח שתכלול גורם חיצוני לאדם, או לחלופין אדם שהגבלותיו האנושיות אינן כהגבלותיהם של שאר בני האדם, שביכולתו לקלוט את התמונה השלמה של המציאות, כדי לתווך ולהעביר את אותה האמת הכוללת לאנושות. דבר נוסף והכרחי שאפשרות זו כוללת הוא אפשרות ברורה של האדם, גם הטיפש ביותר, לקלוט ללא ספקות, את אותה האמת המוחלטת מאת אותו הגורם הנ"ל.
בהנחה שיש אמת מוחלטת שרלוונטית לנו בני האדם, אזי בתוך חוקי הטבע והמציאות שלנו – מן ההכרח שיתקיימו בה התנאים הנ"ל.
האדם שאיננו מאמין שלבני האדם ישנה האפשרות להכיר את האמת המוחלטת, פעמים רבות בטוח שהמאמין מתנשא בעצם אמונתו באמת אחת. אולם, יש להבדיל כי המאמין באמת מוחלטת שלא הוא המציא, מאמין באמת שחיצונית לו ושלא באה ממנו. הוא יודע שאיננו עושה תמיד את הדבר הנכון, אלא האמת עומדת למולו והוא מנסה להתכוונן אליה, שואף לצעוד כלפיה ולהתקרב אליה ככל האפשר.
המדען מסתמך על שכלו מתוך אמונה בשכלו, כאשר היה מעדיף כלי מהימן יותר לתפיסת המציאות, כלי שהוא מעבר לכלים האנושיים. הרב מסתמך על שכלו מתוך אמונה במי שיצר את השכל כמה שמתאים לצורך קיום האדם האנושי בזמן ובמקום שבו הוא נמצא. –